绿色农业仍是农业的一种类型，同样具有弱质产业特性。我国绿色农业存在的问题有:规模小，我国目前绿色农业的播种面积仅占耕地面积的2. 3396，绿色农业规模占农业总规模不到1096:布局分散问题十分突出，我国现行的农业经营规模普遍偏小，再加上绿色食品生产企业数量少，且多为乡镇企业，加工能力有限，很难带动绿色农业规模生产的形成;

产业化程度低，由于绿色食品生产经营规模小，资金投入能力低，出现了加工能力弱、贮运条件差和销售手段落后问题，使绿色食品生产与绿色农业生产相脱节，产品深加工程度低，许多绿色农产品尤其是天然绿色农产品多以初级产品的形式进入市场，很难满足不同消费者的需求，产品的附加值也很低;

与发达国家相比，我国绿色农业生产技术落后，推广应用工作薄弱，使绿色农业生产技术水平低，造成了绿色农产品质量低，产量差(多为A级绿色食品，低于发达国家有机食品标准)，严重削弱了绿色农产品的市场竞争力。同时，绿色农业由于受良好生态环境和理性消费群体的约束，从某种意义上一说，比传统农业更脆弱，尤其需要政府的扶持。